Une activité agricole spécialisée dominée par le lait
La région est dotée d'une agriculture de qualité (elle emploie 5 % de la population régionale, 12 600 exploitations et représente 46 % du territoire régional contre 53 % en moyenne française ). L'agriculture franc-comtoise se subdivise en quatre grandes zones, ayant chacune une activité caractéristique :
- la zone haute (montagne et piémont) spécialisée en production de lait transformé en fromages sous signes de qualité,
- le vignoble, essentiellement dans le Jura,
- une large zone jouxtant les Vosges incluant la porte de Bourgogne et le nord de la région des plateaux où la polyculture élevage domine (viande et lait standard),
- la façade ouest où les grandes cultures ont conquis le territoire. Elles y côtoient des ateliers laitiers spécialisés.
La superficie agricole utile (SAU) couvre 45 % du territoire franc-comtois. L’espace agricole se caractérise par une part importante de prairies permanentes alors que les terres arables (grandes cultures, maraichage, prairies artificielles et jachères) ne représentent que 41 % de la SAU contre 62 % en France. Ces terres sont concentrées en zone de plaine principalement en Haute - Saône tandis que les prairies couvrent les reliefs.
L’agriculture franc-comtoise est orientée vers l’élevage bovin laitier grâce aux débouchés offerts par les fromages sous AOC (Comté, Mont d’Or, Morbier, Bleu de Gex). En 2008, le lait représentait 37% de sa production agricole. La surface des vignobles comtois ne dépasse pas 0.3 % de la SAU. Situés quasi exclusivement dans le département du Jura, leur poids économique est néanmoins important.
En Franche-Comté, comme au niveau national, le nombre d'exploitations agricoles diminue tandis que leurs surfaces est de plus en plus importante. Certains secteurs de montagne sont soumis à une déprise agricole du fait notamment de la difficulté d'exploitation et d'une moindre rentabilité que les secteurs de vallée.
Les activités agricoles assurent le maintien de la gestion des espaces (paysages, pastoralisme, prairies…). Toutefois, elles génèrent diverses pressions environnementales et à l’inverse, subissent la pression du développement urbain. La consommation d’espace pour le développement urbain se fait souvent au détriment de terrains agricoles, alors même que, pour être viable, une exploitation agricole a besoin d’environ 80 ha (en moyenne).
Une région industrielle malgré une image très rurale
Malgré une image de territoire rural très boisé, la Franche-Comté est la région la plus industrialisée de France avec une population active dans le secteur industriel 
2 fois plus importante que la moyenne française (23 % contre 16 % pour la France). Ce tissu comprend à la fois de grands groupes dans le Nord-Est de la région : ALSTOM, GE, PSA et Solvay à Dole, mais également un tissu de PME/PMI relativement bien dispersé sur le territoire y compris en zones rurales (microtechnique, plasturgie, lunetterie, bois, agroalim), 80% de l'activité est lié à de la sous-traitance.
Quelques gros sites et bassins industriels sont implantés sur le territoire. Ils génèrent des pressions parfois importantes, liées notamment à des rejets chroniques de polluants dans le milieu, induisant des effets sur la qualité de l’eau, l’air, les sols (exemples : Aire urbaine, Dole).
Le secteur "forêt et bois" est le 5ème employeur de la région avec 13.000 emplois répartis entre gestion de la forêt (2.500 emplois), et les 1ère et 2nde transformations (respectivement 2.500 et 8.000 emplois).
Une activité touristique peu développée malgré des potentiels importants
La région dispose de nombreux atouts touristiques : une grande diversité de paysages et de milieux naturels, 330 km de voies d’eau navigables, 10 000 km de sentiers de randonnée dont 2 GR, 2 parcs naturels régionaux, 3 stations thermales, 2 stations de ski classées, 3 sites classés au patrimoine mondial de l’UNESCO, une offre variée et diffuse de musées et écomusées en milieu rural… Malgré un potentiel touristique important, le poids de l’emploi lié au tourisme reste en-deçà de la moyenne nationale (3.7% de l’emploi salarié franc-comtois contre 4.8% en France métropolitaine en 2009 - Source : l'Essentiel n°139 - août 2012). La région souffre en particulier d’un manque de notoriété touristique et de l’absence de « points d’accroche » qui pourraient motiver des séjours.
En parallèle, le développement de l’activité touristique peut avoir des incidences environnementales en termes d’augmentation et fréquentation des milieux sensibles, d’augmentation de la consommation d’eau potable et de production de déchets…