La région Franche-Comté est caractérisée par des espaces remarquables variés parmi lesquels peuvent être cités :
· Le réseau hydrographique dense avec environ 10 000 kilomètres de cours d’eaux dont 600 kilomètres classés en Arrêté de Protection de Biotope (APB) « écrevisses », il s’agit du plus fort taux de protection de France. Les rivières à salmonicoles et ombres sont particulièrement caractéristiques du réseau hydrographique franc-comtois ainsi que la Loue et le Doubs qui sont des cours d’eau tout à fait atypiques. La région a un rôle important dans la protection des basses vallées alluviales (Doubs, Ognon, Saône) et des ruisseaux de tête de bassin dont le potentiel d'accueil d'espèces piscicoles est fort.
· Les zones humides et les tourbières couvrent plus de 6 % de la région. La région dispose d’un grand éventail de lacs (plus de 5 000) notamment dans le Jura (lacs naturels du Haut Jura) et la Haute- Saône (plateau des « mille étangs »). Les milieux tourbeux et para-tourbeux accueillent de nombreuses espèces dites « prioritaires » au titre de la SCAP, des espèces d’insectes notamment.
· Les falaises et milieux rupestres associés sont plutôt bien représentés en région Franche-Comté : sur les 34 espèces de chauves-souris présentent en France, 28 sont recensées en Franche-Comté.
· Les milieux forestiers couvrent 44 % de la superficie régionale. Ils associent forêts de plaine où dominent les feuillus (chênaies-charmaies), de montagne (hêtraie-sapinière) et forêts de pente (à la flore très spécifique).
· Les espaces agricoles couvrent 48 % de la région. Ce sont des espaces dits de « nature ordinaire » ; ils participent au maintien global de la fonctionnalité écologique des milieux.
Certaines zones de pelouses et de prairies constituent des milieux remarquables.