Les masses d'eau régionales sont globalement de bonne qualité mais restent sensibles aux pollutions du fait de la nature karstique des sols (peu d'épuration). Les pollutions peuvent être d'origine diffuse : émissions atmosphériques (HAP...), agricoles (produits phytosanitaires) ou ponctuelle : industrie (ICPE ou non), stations d'épurations des eaux usées urbaines.
Les premières actions pour restaurer la qualité des eaux de surface et la vie piscicole ont été engagées dans les années 1970 avec la réduction des rejets de substances toxiques industrielles.
Les pollutions peuvent être de différentes natures :
Des pollutions d’origine industrielle
Du fait de son passé et de son activité actuelle (pays horloger – Belfort/Pays de Montbéliard, également problèmes ponctuels liés au traitement du bois sur les plateaux forestiers, les décharges sauvages, PSA,…), l'industrie franc-comtoise est une cause potentielle de pollutions chroniques ou ponctuelles. Les facteurs polluants de l'industrie sont variés : les scieries représentent des sources de rejets de produits chimiques ou organiques, polluants pour les milieux naturels tandisque l'industrie de la lunetterie génère des rejets de micropolluants (cuivre, nickel).
Des pollutions d’origine agricole (problématique phytosanitaire)
Les impacts sur les milieux agricoles sont liés à deux vecteurs principaux :
- Emploi de phytosanitaires
L’agriculture peut générer des pollutions chimiques (de l’usage de produits phytosanitaires et d’engrais, aux rejets d’effluents des laiteries), principalement en cas de mauvaise utilisation de ces produits ou d’évènement climatique non anticipé (ruisselement). Certaines zones de la région sont plus particulièrement touchées : c’est le cas de la plaine de Gray qui est en zone vulnérable au titre de la directive nitrates ou encore des zones de viticulture par exemple sur le secteur du Revermont, dans le Jura. L'aval de la Lanterne et la Loue présente également des niveaux de pollutions importants.
En 10 ans, plus de 5 000 ha de zones alluviales en jachères ont été remis en culture de maïs (hors zone Comté), ce qui contribue à augmenter la pression phytosanitaire sur les cours d'eau concernés.
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- Amendement
Les amendements sont l'ensemble des produits apportés au sol pour en améliorer sa qualité agronomique. Ces apports peuvent être chimiques, organiques ou biologiques. Les plus répendus sont les apports de chaux pour modifier le pH des terres ou des apports de matière organique : compost, lisier...
En zone AOC Comté, les pratiques agricoles dominantes sont l'élevage bovin pour le lait et porcin. Le cahier des charges limite fortement l'utilisation d'amendements chimiques. Néanmoins, les prairies sont alimentées de lisiers et de fumiers pouvant générer des impacts non négligeables sur l'état écologique des cours d'eau, notamment du fait de la nature karstique des sols qui transmettent directement les polluants aux nappes profondes.
L’épandage des effluents a pour objectif une valorisation agronomique des éléments fertilisants qu’ils contiennent. Cependant, en raison de leur nature karstique, les sols présentent un risque accru de fuite vers le milieu aquatique, d’où la nécessité d’une très bonne gestion des pratiques d’épandage. Certains facteurs peuvent augmenter les risques de pollutions des eaux karstiques :
- les épandages hivernaux
- les dolines (trou dans les sols calcaires) permettant un accès direct aux eaux karstiques.
A l'inverse, les rejets des fruitières à Comté dont les eaux allaient directement aux milieux aquatiques ont été quasiment circonscrits en l'espace de 10 ans par la mise en commun et le traitement des effluents de laiteries.
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Des pollutions d’origine urbaine et industrielles
Le niveau d'équipement en station de traitement des eaux usées est satisfaisant comparé à d'autres régions françaises. Des efforts importants ont été réalisés durant les années 2000 pour mettre à niveau l'ensemble des stations d'épurations régionales, que ce soit en augmentant les capacités de traitement des principales agglomérations ou en augmentant de façon conséquente les installations sur les petites agglomérations. Par ailleurs, les agglomérations de Besançon et Montbéliard valorisent leurs boues de station à travers la mise en place de plans d'épandages impliquant de nombreux agriculteurs sur 3 départements de la région.
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L'activité industrielle passé a laissé des traces d'éléments toxiques et de micropolluants dans les eaux, notamment lorsque les réseaux d'assainissement étaient reliés au réseau d'assainissement communal plutôt que d'être traités par des unités spéciales sur site. Les communes de Besançon et de Montbéliard présentent toujours certains relevés toxiques du fait de ces raccordements.
L’assainissement autonome sur le territoire reste fort du fait de son caractère rural et de l’aspect diffus du tissu urbain. La mise en place des SPANC (services public de l'assainissement non collectif), en charge de la vérification des systèmes d'épuration autonomes est plutôt satisfaisante au niveau régional en dehors du département du Doubs qui présente un certain retard à ce niveau.
Enfin, la gestion des eaux pluviales reste problématique sur certains territoires dotés de réseaux unitaires où des débordements des eaux usées dans le milieu sont constatés par temps de pluie. Les réseaux unitaires sont encore importants notamment dans les principales agglomérations : Besançon, Belfort et Montbéliard.
Des réponses à ces formes de pollution
Les plans d’actions s’intègrent désormais dans une démarche globale de protection des masses d’eau : SDAGE, SAGE, contrat de milieux, programme de mesures plus localisés.
D'autres actions plus spécifiques sont également en cours et devront permettre de réduire les quantités de rejets potentiellement polluants dans les milieux naturels :
- L’action de recherche et de réduction des substances dangereuses dans l’eau (RSDE),
- Le programme national d’action contre la pollution des milieux aquatiques par certaines substances dangereuses (PNAR),
- Le 5ème programme de la directive nitrates qui définit des secteurs agricoles comme vulnérables et pour lesquels, les intrants et pratiques sont réglementés,
- Un plan national d’actions de lutte contre la pollution des milieux aquatiques par les micropolluants établi par le ministère en charge de l'environnement a été également adopté en octobre 2010 afin notamment de respecter les objectifs de la DCE.