Dans le cadre de l'atteinte des objectifs de la DCE, les masses d'eau sont évaluées selon deux critères qui sont soit d'ordre qualitatif (prise en compte des problématiques chimiques) soit d'ordre quantitatif qui sont en lien non pas avec la ressource en eau potable mais bien avec les quantités d'eau nécessaires pour assurer la fonctionnalité écologique des milieux.
Masses d'eau souterraines
Les masses d'eau souterraines sont découpées en plusieurs catégories :
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Sur l'ensemble des masses d'eau souterraines régionales, deux sont classées en mauvais état quantitatif, il s'agit des masses d'eau dites "Alluvions du Breuchin" et de la "Lanterne et Alluvions de la Bresse - plaine de Bletterans".
Pour l'aspect qualitatif, 6 masses d'eau sont considérées comme en mauvais état :
- Calcaires, marnes et terrains de socle entre Doubs et Ognon
- Calcaires jurassiques du seuil et des Côtes et arrières-côtes de Bourgogne dans BV Saône en RD
- Calcaires jurassiques des plateaux de Haute-Saône
- Alluvions du bassin de l'Allan (dont Savoureuse)
- Alluvions de la Saône entre les confluents de l'Ognon et du Doubs - plaine Saône-Doubs et Basse vallée
- Alluvions de la Bresse - plaine de Bletterans
La masse d'eau "Alluvions de la Bresse - plaine de Bletterans" est donc considérée comme en mauvais état sur les aspects qualitatifs et quantitatifs.
Masses d'eau superficielles et plans d'eau
Les masses d'eau superficielles prennent en compte l'ensemble du réseau hydrographique naturel ainsi que les plans d'eau au-dessus d'une certaine superficie.
La région Franche-Comté compte pas moins de 448 masses d'eau superficielles et 20 masses d'eau de type plan d'eau (principalement des lacs, mais on dénombre également certains étangs).
La qualité des eaux apparaît comme bonne à très bonne sur la majeure partie des secteurs selon la classification du bon état écologique des masses d'eau de la DCE (Directive Cadre sur l’Eau). Cependant, des critères DCE positifs n’empêchent pas des problèmes locaux importants. Ainsi, des problématiques de mortalité piscicole ont été révélés dernièrement sur la Loue et le Doubs Franco-Suisse (2010-2011).
Sur les 448 masses d'eau superficielles régionales notons que 222 soit 49,5% d'entre elles sont concernées par le Risque de non Atteinte du Bon état Ecologique sur l'aspect qualitatif. Certains secteurs sont plus marqués par la problématique, comme la plaine du Graylois où les rejets issus notamment des activités agricole ont tendances à modifier les classements de qualité. Cette plaine est d'ailleurs classée zone vulnérable au titre de la directive nitrates.