De nombreuses anciennes décharges communales et dépôts sauvages existent sur la région.
Les décharges communales ont été recensées entre 2000 et 2003 : plus de 2 500 sites ont alors été inventoriés. Cet inventaire a été suivi par un diagnostic sur 3 des 4 départements, les sites diagnostiqués ont été choisi sur 3 critères : sites ayant fait l’objet d’une mise en demeure de fermeture, types de décharge selon le volume et les déchets stockés, enjeux environnementaux (proximité de cours d’eau …). Les sites ont ensuite été diagnostiqués en fonction des impacts potentiels sur les milieux et classés en 4 catégories (de A à D) selon le niveau de risque.
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Au 31 octobre 2009, l’ADEME a participé financièrement à la réhabilitation de 325 sites dans le Doubs, 84 en Haute Saône et 12 dans le Jura.