D’un point de vue morphologique, les dégradations ponctuelles liées à des recalibrages sont notoires. Ces dégradations sont signalées, par exemple, à la zone de confluence Doubs-Loue, la Loue, la Seille, le Glan, la Savoureuse.
Des projets de « renaturation » et de reconquête des espaces de liberté des cours d'eau sont actuellement en projet en région Franche-Comté (le Drugeon (25), la confluence Doubs-Loue (39), vallée de l'Ain (39) etc.).
Pour améliorer la circulation des espèces piscicoles et le transit sédimentaire, des actions de restauration de la continuité écologique sont engagées sur de nombreux cours d'eau identifiés prioritaires au regard de leurs fonctionnalités écologiques. Ces cours d'eau sont classés en liste 1 (cours d'eau sur lesquels plus aucun ouvrage ne pourra être développé) et en liste 2 (cours d'eau sur lesquels des travaux de résorption d'ouvrages devront être menés).
Pour information : un relèvement des débits réservés au 1er janvier 2014 est prévu par le législateur.