L’alimentation en eau potable repose sur 1223 captages (2012) et résulte pour 1/3 de la population des eaux karstiques, pour 40% de la nappe alluviale et pour 20% de la population des eaux superficielles.
Ces sources sont superficielles ou résultent d’un transfert rapide ce qui induit une forte vulnérabilité de la ressource aux conditions météorologiques pour son alimentation et aux pollutions de surface.
Le prélèvement en réseau karstique représente 80 % des captages or par sa nature même, il est très difficile de définir des périmètres de protection de captage. Aussi 8 % de la population régionale est régulièrement exposée à des eaux contaminées.
En 2012, 51,3 % des captages sont protégés par DUP (déclaration d’utilité publique) ce qui représente 77.6 % de la population.
En Franche-Comté, 21 ouvrages sont reconnus grenelle et 44 apparaissent dans le SDAGE. Les contaminations les plus fréquentes sont les pesticides pour 63% de ces captages et les nitrates 22%. 15 % des captages sont concernés par les 2.
Le Plan Régional Santé Environnement (PRSE2) prévoit de « réduire les risques sanitaires liés aux usages de l'eau ». Il en résulte plusieurs objectifs opérationnels importants : améliorer la qualité bactériologique de l'eau du robinet, améliorer la qualité de l'eau potable en protégeant les captages d'eau contre les pollutions ponctuelles et accidentelles, réduire les micropolluants, assurer la disponibilité de la ressource et prévenir l'exposition humaine aux légionelles.
Les enjeux qualitatifs et quantitatifs en lien avec les risques sanitaires liés à l’alimentation en eau potable sont particulièrement présents sur certains territoires de Franche Comté :
- La sécurisation quantitative de l’alimentation en eau du Nord Franche Comté, secteur connaissant un développement important de l’urbanisation (300 000 habitants) ;
- La sécurisation qualitative et quantitative du secteur du Haut Doubs : plaine de l’Arlier et Métabief ;
- Certains secteurs de Haute-Saône (plaine du Graylois) vis-à-vis des pesticides.