La région est marquée par une dominante rurale prononcée. Elle compte 1.785 communes de petites tailles (61 % des communes ont une densité inférieure à 35 hab/km²). Sa densité de population est l'une des plus faibles de France avec 72 hab./km² (1.17 millions d’habitants sur 3% de la superficie métropolitaine).
Cette tendance plus marquée dans les départements de la Haute-Saône (secteurs du Nord-ouest en désertification), du Haut Jura, du Haut Doubs, engendre des fragilités mais est aussi porteuse d'atouts pour la région sur le plan environnemental et économique.
La région possède une structure territoriale originale avec une capitale proche de 180 000 habitants et une multiplicité de petits pôles (Vesoul, Belfort, Montbéliard, Pontarlier, Lons-le-Saunier, Dole) relativement indépendants les uns des autres.
Elle compte 7 aires urbaines (941 communes) qui représentent 46% de son territoire et rassemblent 69% de sa population. Elles sont assez peu denses. Il y a peu de villes moyennes (seulement 4) pour structurer l'espace. Le développement de la région qui ne repose pas sur une très grande ville-centre, est structuré autour de réseaux interrégionaux et régionaux (Suisse, Dijon, Alsace)
L’influence des aires urbaines s’est fortement accentuée depuis le début des années 2000, témoignant de la polarisation croissante de l’emploi dans les centres urbains. Les espaces connaissent cependant des évolutions différenciées : les croissances démographiques les plus fortes sont constatées dans les aires urbaines de Dole (+64% entre 1999 et 2008) et de Pontarlier (+21%) ; des évolutions plus modérées sont constatées pour les aires urbaines de Besançon (+11%) et Vesoul malgré un fort étalement géographique, enfin on note une croissance très modeste de l’aire de Belfort (+8%) et de Lons-le-Saunier (8%). L’aire urbaine de Montbéliard est la seule à voir son influence régresser (-9% de la population sous son influence entre 1999 et 2008).
Une part importante de population vit hors influence de l'espace urbain (11% contre 5 au niveau national). Cette part est en augmentation (seule région française où c'est le cas).
Ces spécificités confèrent à la région une certaine qualité de vie.
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