En Franche-Comté, les matrices agricole et forestière jouent un rôle majeur dans le maintien des fonctionnalités écologiques des milieux. Malgré la forte couverture forestière et agricole régionale, la fonctionnalité des milieux naturels régionaux est menacée par :
- la fragmentation du territoire liée au développement des infrastructures de transports, à la présence de nombreux ouvrages hydroélectriques sur les cours d’eau, d’extensions urbaines… La région est en effet une région de passage fragmentée par des autoroutes, plusieurs routes nationales, dont certaines à deux fois deux voies ou en passe de l'être, et une LGV.
- la surexploitation des ressources. Une perte de biodiversité liée à la pression agricole est constatée sur le territoire, elle est notamment due à l’utilisation d’intrants, aux fauches fréquentes, aux remembrements agricoles (aménagement foncier)…
- la pollution des milieux naturels. La fragilité des milieux face à diverses sources de pollutions s’explique par la nature géologique des sols.
- les espèces invasives (Ambroisie, Renouée du Japon, Jussie, Berce du Caucase, Faux-indigo…)…
Certaines zones ont d’ores et déjà perdu une partie de leur fonctionnalité écologique : c’est le cas de la vallée du Doubs qui ne permet plus les contacts entre les massifs du Jura et des Vosges. Vallées et les zones humides sont également en phase d’érosion en raison des impacts des pratiques agricoles, du développement urbain, des aménagements de type drainage, requalibrage.
Le Schéma Régional de Cohérence Ecologique (SRCE) en cours d'élaboration, et qui est une traduction réglementaire de la « Trame Verte et Bleue » devra permettre d’identifier, de maintenir et de restaurer les fonctionnalités écologiques régionales.