En Franche-Comté, les matrices agricole et forestière jouent un rôle majeur dans le maintien des fonctionnalités  écologiques   des  milieux.   Malgré   la   forte   couverture   forestière  et   agricole régionale, la fonctionnalité des milieux naturels régionaux est menacée par : 

• la fragmentation du territoire liée au développement des infrastructures de transports, à la  présence  de  nombreux  ouvrages  hydroélectriques  sur  les  cours  d’eau,  d’extensions urbaines…  La région est en effet une région de passage fragmentée par des autoroutes, plusieurs routes nationales, dont certaines à deux fois deux voies ou en passe de l'être, et une LGV. 
• la surexploitation des ressources. Une perte de biodiversité liée à la pression agricole est constatée  sur le territoire, elle est notamment due à l’utilisation d’intrants, aux fauches fréquentes, aux remembrements agricoles (aménagement foncier)…
• la  pollution  des  milieux  naturels.  La  fragilité  des  milieux  face  à  diverses  sources  de pollutions s’explique par la nature géologique des sols.
• les espèces invasives (Ambroisie, Renouée du Japon, Jussie, Berce du Caucase, Faux-indigo…)… 

Certaines zones ont d’ores et déjà perdu une partie de leur fonctionnalité écologique : c’est le cas de la vallée du Doubs qui ne permet plus les contacts entre les massifs du Jura et des Vosges. Vallées  et  les  zones  humides  sont  également  en  phase  d’érosion  en  raison  des  impacts  des pratiques   agricoles,   du   développement   urbain,   des   aménagements   de   type   drainage, requalibrage.

Le Schéma Régional de Cohérence Ecologique (SRCE) en cours d'élaboration, et qui est une traduction réglementaire de la « Trame Verte et Bleue » devra permettre d’identifier, de maintenir et de restaurer les fonctionnalités écologiques régionales.