Par sa situation géographique, la Franche-Comté est un territoire de transit. L'autoroute entre Dole et Belfort compte le plus fort trafic avec environ 17 000 véhicules légers et 5 500 poids lourds pas jour. Les axes secondaires transversaux tels que Delle/Luxeuil ou Bourg-en-Bresse/Dijon comptabilisent également un fort trafic avec environ 10 000 voitures par jour et 2 000 à 5 000 poids lourds selon les transepts. Malgré une baisse de trafics sur les dernières années, le trafic reste important générant des risques liés au transport de matières dangereuses et des émissons de gaz à effet de serre et polluants de l'air non négligeables.
Les dépalacements domicile/ "travail ou études" de Franche-Comté sont moins émetteurs de dioxyde de carbone que la moyenne nationale ou les territoires voisins notamment grâce à une offre complète en logements/bureaux/université/commerces sur les principaux pôles urbains, limitant les distances de déplacement et à l'origine d'une répartition des parts modales plutôt favorable aux modes doux : 13,2% pour la marche ou le vélo (parmi les plus élevées du grand est).
Toutefois les dynamiques actuelles de périurbanisation et de concentration de l'activité dans les pôles urbains risquent de faire évoluer les émissions de gaz à effet de serre si ces tendances ne sont pas couplées avec une offre de transports en commun adéquate. En effet, les navetteurs des bassins de vie périurbains, plus résidentiels, se déplacent massivement dans les pôles d'emplois en voiture individuelle, générant de fortes émissions de dioxydes de carbone.
Actuellement, la part modale liée aux déplacements en transports en commun sur les mouvements pendulaires est de 6,7 % ce qui est faible par rapport aux 9.2 % nationaux. Toutefois, on constate que la nouvelle circulation cadencée des TER Franc-Comtois mise en place en 2011 a permis en 2012 un accroissement de 7.5% de la fréquentation par rapport à 2011. De même, l'utilisation des transports en commun par les populations stables et migrantes des principaux bassins de vie urbains que sont Besançon, Belfort et Montbéliard est 4 fois supérieure aux territoires moins bien dotés. Ces dynamiques laissent présager une marge de progression de la part modale des transports collectifs sous couvert d'un dimensionnement suffisant et adapté aux besoins locaux.
Sources :INSEE - Migrations alternantes : des émissions de CO2 différenciées selon les territoires franc-comtois 2007 et ORT - Analyse régionale 2012