En Franche-Comté, comme dans le reste de la France, les risques sanitaires liés à la consommation d’eau sont relativement faibles compte tenu de la performance des systèmes de traitement et de contrôle. De très nombreux paramètres font en effet l’objet de normes définies par le code de santé publique. Néanmoins, il existe des risques difficiles à identifier en lien avec la consommation de doses très faibles de substances chimiques pendant une longue période. Les paramètres régionaux sont présentés dans les thématiques dans l'onglet eau (zones karstique ne filtrant pas les polluants, secteurs de tension favorisant la concentration des polluants et multiplicité des réseaux de distribution).
La Franche-Comté est la première région industrielle de France (au regard de la part de sa population active dans ce secteur). L’activité industrielle peut de ce fait constituer une source de pression sur la ressource en eau régionale (prélèvements importants d’eau liés à certains process industriels très consommateurs, rejets diffus de métaux lourds, rejets salés…). Bien que les principales industries soient encadrées par une réglementation stricte et soient de ce fait soumises à des contrôles et un suivi réguliers, il n'en demeure pas moins que les anciens sites industriels et certaines petites industries (Pays Horloger notamment) peuvent induire une pollution chronique du milieu naturel.
L’agriculture reste également un des fondements de l'économie régionale et joue un rôle « charnière » en matière de gestion des paysages, de biodiversité ou encore de structuration des territoires. Toutefois, elle peut aussi générer des pressions sur les milieux naturels (uniformatisation des paysages, augmentation de la pression de pâturage, utilisation d’intrants…).
Mieux surveiller les rejets de toutes origines et développer des ressources complémentaires pour l’AEP
Des efforts sur la surveillance des rejets de quelque origine que ce soit doivent être réalisés, notamment sur les principales masses d'eau en tension identifiées au SDAGE RMC. Il semble donc nécessaire de finaliser la protection des captages, principalement dans un contexte de changement climatique où les tensions sur la ressource risquent de devenir récurrentes et de générer des conflits d'usages. Les efforts sur l'intégration des modes de pratiques agricoles et les rejets urbains et industriels au niveau des bassins-versants des zones de captages doivent être poursuivis pour limiter les apports polluants dans les milieux naturels pouvant être exploités par la suite. Simultanément, des travaux de prospection de ressources complémentaires pour l'AEP doivent être mis en œuvre pour sécuriser l'alimentation des populations.
Soutenir l’agriculture et l’orienter vers des pratiques moins impactantes
L’agriculture doit être soutenue du fait de son importance économique et environnementale tout en orientant certaines pratiques visant à réduire ses impacts sur les ressources eau, sols et sous-sols (en limitant les intrants notamment). La réforme de la Politique Agricole Commune pourra contribuer à l'intégration environnementale des exploitations agricoles même si les cahiers des charges AOC fromage sont d'ores et déjà gages d'une certaine qualité environnementale. En parallèle, les terres arables de qualité agronomique supérieure situées en secteurs périurbains doivent être préservées de l'étalement urbain.