La Franche-Comté présente un risque spécifique d'accumulation du radon dans les bâtiments, y compris dans ses vastes zones sédimentaires du fait d'un sous-sol très fracturé.

Le radon est un gaz radioactif naturel, c’est un agent cancérigène pulmonaire reconnu depuis 1987 par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). Du fait de ses propriétés physico-chimiques, il s’accumule dans les milieux clos. L'air intérieur des logements de la région concentre en moyenne 2,5 fois plus de radon qu'en France métropolitaine.

En Franche-Comté, la fraction de cancers du poumon attribuable au radon est comprise entre 14 et 27% (5 à 12% en France) (Source : plan régional santé environnement dit « PRSE 2 »).

Trois départements sont identifiés « prioritaires »par les circulaires du 27-01-99 et du 2-07-01 en Franche Comté : le Doubs, la Haute Saône et le Territoire de Belfort. A ce titre, les départements doivent effectuer des mesures systématiques du Radon dans les établissements recevant du public et organiser un dispositif d'information des populations. Pour les départements jugés prioritaires, les bâtiments dont les émissions sont supérieures à 400 Bq/m3 (seuil de précaution) doivent faire l'objet de travaux pour ramener la valeur sous le seuil de précaution. La réglementation impose la réalisation de diagnostics radon tous les 10 ans dans certains établissements recevant du public. Les établissements les plus sensibles étant les établissements thermaux, sanitaires, médico-sociaux et les pénitenciers.

En 2005-06, la DDASS, l'ARS et l'institut de veille sanitaire ont mené une enquête sur le Radon chez les particuliers. 1 logement sur 1000 a été visité.

Avec 170 Bq/m, la concentration moyenne en radon est inférieure au seuil de précaution (400 bq/m3) fixé par les pouvoirs publics  néanmoins, 58 habitations de l’échantillon, soit 13 % des logements investis, ont enregistré au moins une mesure supérieure au seuil de précaution et 13 logements, 3 %, enregistrent une mesure supérieure au seuil d’alerte (1000 bq/m3).

Une carte des investigations a été publiée  (1ère carte) et  une cartographie des zones les plus exposées a été réalisée par la Direction régionale des affaires sanitaires et sociales de Franche-Comté (DRASS) et comparée aux concentrations mesurées dans les bâtiments publics (2nde carte).

Le nord de la région est la zone la plus touchée. Ce constat s'explique par la présence d'un substrat granitique qui favorise les émissions atmosphériques de  Radon par rapport à d'autres types de sols sédimentaires qui apparaissent comme plus imperméables.