Parmi les allergènes atmosphériques, les pollens présents dans l'air constituent aujourd’hui une problématique sanitaire grandissante. En effet, pour 10 à 20% de la population, les pollens sont responsables de réactions allergiques.

En Franche-Comté, la surveillance des taux de pollens dans l’atmosphère et par conséquent de l’ambroisie existe depuis 2005, au travers d'un capteur situé à Besançon, puis d’un second capteur installé en 2010 au niveau de la commune de Bart, située à proximité de Montbéliard.

Une information sur les concentrations en pollens dans l’air est effectuée par ATMO FC en lien avec le Réseau National de Surveillance Aérobiologique (RNSA) et le RAFT à destination du grand public.

Concernant l’ambroisie, elle est surtout présente actuellement dans le département du Jura et assez peu dans les autres départements. Néanmoins, l’implantation de la plante progresse.

Le FREDON procède à une veille de l’implantation de l’ambroisie et considère qu’en 2010, 204 ha étaient touchés. En 2011, ce sont 290 ha qui le sont.

Le PRSE 2, pour atteindre l’objectif de réduction de l’impact sanitaire des pollens sur les populations sensibles, prévoit la mise en œuvre d’actions de prévention : pérenniser la surveillance des pollens en Franche-Comté, optimiser le dispositif de diffusion de l’information auprès du grand public et des professionnels de santé, mener des actions de luttes contre le développement de l’ambroisie sur l’ensemble de la Franche Comté.