En fonction des priorités données à telle ou telle thématique par le passé, l'évolution des connaissances est variable en Franche-Comté. Les travaux relatifs au risque d'inondation et à la qualité de l'air ont généré un solide niveau de connaissance chez les acteurs concernés. Les travaux sur la biodiversité ont été importants ces dernières années mais le champ à explorer est quasiment infini et les évolutions permanentes du savoir nécessitent une mise à jour en continu. Qui plus est les concepts de préservation de la biodiversité ont largement évolué comme indiqué dans le diagnostic, avec :

• dans un premier temps une préservation de petits ilots de biodiversité exceptionnelle,
• puis une gestion de zones plus étendues,
• enfin une prise en considération des continuités écologiques et de la nature ordinaire.

Ces évolutions conceptuelles entraînent des besoins nouveaux de connaissance des milieux, des relations entre espèces, des effets de la gestion. Il s'agit là d'un exemple permettant de mettre en lumière les besoins constants d'acquisition des données et des connaissances.
Par ailleurs, les paysages et leur évolution jouent un rôle important en Franche-Comté et nécessitent une attention particulière en matière de connaissance et de suivi. En outre, ils facilitent compréhension et appropriation par le public des enjeux de préservation de l’environnement, en particulier de la biodiversité.

Enfin certains domaines sont encore assez peu couverts, notamment la question de l'adaptation aux changements climatiques.