Malgré une « image verte » forte, la région connaît une érosion de sa biodiversité : régression des zones humides de 40 % en 30 ans, disparition de 10 % des espèces protégées ou menacées de la flore régionale au cours du siècle dernier....

Sur 594 espèces animales étudiées, 131 sont en danger. Pour les seuls oiseaux, sur 55 espèces 31% sont menacées ou éteintes.

 Les principales causes de ce déclin sont « classiques ». En Franche-Comté, les matrices agricoles et forestières jouent un rôle majeur dans le maintien des fonctionnalités écologiques des milieux.

La fonctionnalité des milieux naturels régionaux est principalement menacée par :

La fragmentation du territoire

Elle est liée au développement des infrastructures de transports, à la présence de nombreux ouvrages hydroélectriques sur les cours d’eau, d’extensions urbaines…

Selon les espèces, la taille du domaine vital minimum lui permettant d’assurer l’ensemble de ses fonctions vitales (nourriture, reproduction, habitat…) varie. Plus l’espace est fragmenté et moins le nombre d’espèce sera important par portion.

A partir d’un certain seuil de fragmentation (ce seuil varie selon les espèces considérées), l’habitat devient inhospitalier pour l’espèce qu’il abrite. Pour exemple, un travail de spatialisation en Franche-Comté a permis de réaliser la carte suivante :

 

La surexploitation des ressources

Une perte de biodiversité liée à la pression agricole est constatée sur le territoire, elle est notamment due à l’utilisation d’intrants, aux fauches fréquentes, aux remembrements agricoles (aménagement foncier)…

La pollution des milieux naturels

La fragilité des milieux face à diverses sources de pollutions s’explique par la nature géologique des sols.

La propagation des espèces invasives (Ambroisie, Renouée du Japon, Jussie, Berce du Caucase, Faux-indigo…).

En Franche-Comté, le conservatoire botanique identifie 10 espèces végétales envahissantes. Parmi elles, la Berce du Caucase et l’Ambroisie engendre des problèmes de santé publique : brûlures pour la première, allergies pour la seconde. A cet effet, le Plan Régional Santé Environnement met en avant les besoins de lutte contre l’ambroisie.