L’intérêt des milieux naturels se traduit notamment par des mesures de protection, d’inventaire et de gestion. Plus d’un quart de la région est couvert par des mesures de ce type avec :

• 1030 ZNIEFF (inventaires de faune et flore présentant des espèces remarquables) couvrant 22% du territoire,
• 28 arrêtés de protection de biotope (réglementation des usages et pratiques) qui concernent 294 sites et 1,7% du territoire,
• 15,6% du territoire régional est couvert par Natura 2000. La Franche-Comté est la 3ème région de France pour la superficie de ses zones Natura 2000 avec 29 sites au titre de la directive oiseau et 52 pour la directive habitat.
• 11 réserves naturelles nationales et régionales.
• 54 sites gérés pour 1184 ha via de la maîtrise foncière ou d'usage par la Conservatoire d'espaces naturels de Franche-Comté

 La Stratégie de Création d’Aires Protégées (SCAP) a relevé des insuffisances dans le réseau actuel des  aires  protégées.  C’est  le  cas  pour  les  invertébrés  souterrains  mais  aussi  pour  les  forêts de plaine pour lesquelles la connaissance reste encore insuffisante dans certains domaines ou fait abstraction de certains  groupes  (sapro-lignicoles  par  exemple).  Afin  d’y  pallier,  8  propositions  de  création d’aires protégées sont en cours. Elles visent à renforcer la protection des milieux thermophiles, des basses vallées alluviales, des forêts, des lacs jurassiens ainsi que des milieux tourbeux et para-tourbeux.