La qualité des matières premières produites sur le territoire franc-comtois sont liées, entre autres paramètres, à la qualité des sols.

En quantité de substances vendues, la France occupait en 2004 : le 1er rang européen avec 76 100 tonnes de substances actives vendues, le 3ème rang mondial sur le marché des produits phytosanitaires.

La France est également le plus gros consommateur de pesticides de l’Union européenne.

Si l’on ramène cette consommation à l’hectare cultivé (hors prairies permanentes), elle arrive en 4ème position avec 5,4 kg/ha, derrière le Portugal, les Pays-Bas et la Belgique (Aubertot et al., 2005).

L’agriculture est le plus gros consommateur direct de pesticides avec 90 % des quantités de substances actives vendues en France (Aubertot et al., 2005).

En Franche-Comté, le type d’agriculture prédominant est l’élevage bovin laitier principalement sur les plateaux du Jura et le pémont des Vosges.

La valorisation du lait par un fromage AOC et surtout pour le Comté permet aux eleveur de mieux vendre leur lait.

Malgré une évolution des pratiques agricoles (amendement des prairies, chargment plus important à l'ha...) favorisé notamment par l'arrêt des quotats laitiers, ces pratiques sont limitées par le chaier des charges de production du Comté assurant une conservation des sols. En effet, la fertilisation des prairies d’alpages, pour augmenter leur rendement, modifie les cortèges floristiques et donc la richesse du goût du Comté.

Le type « polyculture élevage » est présent surtout sur le plateau de Haute Saône et en Bresse jurassienne et les grandes cultures se développent en pays Graylois et en Finage.

La culture du sol induit des modifications du sol en structure (labour, implantation de plantes) et par apport d’intrants (minéraux et intrants).

Apport d’azote

L’enrichissement en azote des sols peut être relié à la minéralisation de la matière organique ou à l’apport direct des minéraux. L’azote permet avec le phosphate et le potassium la croissance des végétaux. Les pratiques agricoles ont ainsi pour objectif de fournir ces éléments à leur culture pour un développement optimal non limité par ces paramètres.

La modification de la teneur en minéraux des sols entrainent une évolution des cortèges biologiques et floristiques associés. La Franche Comté est dans la fourchette basse des régions consommatrice d’azote mais cela est du notamment à la faible part de cultures. Le 5ème programme de la directive nitrates identifie une zone sensible pour les nitrates dans les zones de grande culture.

 

Apport de phosphates

Comme pour les nitrates, les apports de phosphates en Franche-Comté se situent dans la fourchette basse. Cependant, une teneur trop importante peu entrainer une modification de la biologie des sols mais aussi une eutrophisation des cours d’eau.

Le développement de la filière BIO (moins d’intrants) et des techniques culturales simplifiées (TCS) (moins de travail du sol) participent à réduire l’impact de l’agriculture sur le sol.

En 2009, 4.7% des exploitations agricoles sont en filière BIO.