Malgré les efforts nationaux et régionaux en terme de couverture des territoires par des mesures de protection et de gestion des milieux naturels, la démarche SCAP a permis d'identifier des manques de couverture du territoire en terme d’aires protégées, dont certains secteurs jugés sensibles par les acteurs locaux.

Deux types de secteurs semblent devoir être mieux pris en compte : les espaces souterrains et leur faune d’invertébrés ainsi que les forêts de plaine pour lesquelles la connaissance reste encore insuffisante dans certains domaines, notamment concernant les populations saprolignicole (oiseaux et insectes inféodés au bois mort).  Afin  d’y  pallier, 8 propositions de créations d’aires protégées sont en cours. Elles visent à renforcer la protection des milieux thermophiles, des basses vallées alluviales, des forêts, des lacs jurassiens ainsi que des milieux tourbeux et para-tourbeux.

Dans la même logique, la région Franche-Comté doit poursuivre la mise en œuvre des plans d'actions concernant des espèces vis-à-vis desquelles elle a une responsabilité forte, comme par exemple le sonneur à ventre jaune, les chiroptères (chauves-souris), la Chouette chevêche, les Tétras ou encore le Râle des genêts.