Les travaux menés dans le cadre de l'élaboration du SDAGE Rhône Méditerranée Corse ont permis de mettre en évidence les masses d'eau superficielles et souterraines qui présentent un deséquilibre quantitatif de la ressource en eau et ainsi déterminer les masses d'eau nécessitant des actions spécifiques pour atteindre le bon état quantitatif afin de répondre aux objectifs de la directive cadre sur l’eau (DCE) du 23 octobre 2000 (directive 2000/60).

Il en ressort que :

• 3 masses d'eau souterraines présentent un déficit quantitatif lié aux prélèvements : "Alluvions du Breuchin et de la Lanterne", "Alluvions de la Savoureuse amont", et les "Alluvions de la Bresse -plaine de Bletterans". Sur ces masses d'eau, des études spécifiques ont été menées ou sont en cours de production. Il en découle des plans de gestion de la ressource en eau, mis en œuvre par la suite et sont ou seront intégrés dans les SAGE en cours de rédaction ou d'ores et déjà finalisés.
• 6 masses d'eau superficielles pour lesquelles des actions spécifiques sont nécessaires afin de limiter les déséquilibres liés aux prélèvements (Lanterne, Haut Doubs, Doubs médian, Doubs Franco/Suisse, Haute vallée de l'Ain, Valouse).

La région Franche-Comté apparaît donc comme relativement préservée des problématiques quantitatives des masses d'eau par rapport au reste du bassin Rhône Méditerranée Corse qui présente bon nombre de masses d'eau en déficit.

Toutefois, la ressource en eau potable apparait problématique car la plupart des masses d'eau souterraines de la région ont pour préconisation du programme de mesure du SDAGE de "Délimiter les ressources faisant l'objet d'objectifs plus stricts et/ou à préserver  en vue de leur utilisation futur pour l'alimentation en eau potable".