La région Franche-Comté est marquée par une très grande qualité et diversité de ses milieux naturels. La confluence de paramètres tels que le relief, la diversité des climats, la diversité géologique en fait une des régions les plus riches en terme de biodiversité.
Néanmoins, certaines activités génèrent des impacts importants. La prédominance de l'activité industrielle régionale a permis le développement de friches industrielles pas toujours réhabilitées produisant des pollutions chroniques dans le milieu naturel. On note également des rejets plus ponctuels liés à des activités spécifiques mais mieux localisés comme certaines scieries dans le haut Doubs ou encore la micro-industrie du pays horloger.
Certaines pratiques agricoles impactent également directement les masses d'eau régionales. La nature majoritairement karstique des sols facilite le transfert des intrants dans le milieu.
Toutes ces pollutions ont un impact plus ou moins important sur les différentes masses d'eau régionales. Le SDAGE permet la mise en place d'objectifs et de suivis quantitatifs et qualitatifs.