La principale spécificité de la ressource en eau repose sur la nature karstique des sols, qui s'étend sur ¾ du territoire. Cette configuration joue un faible rôle épuratoire et entraîne une grande rapidité de la circulation de l’eau dans le sol. Le fonctionnement complexe des sols karstiques rend difficile la connaissance et la protection des captages d'eau potable.

En 2009, l'ensemble des prélèvements d'eau douce de Franche-Comté a représenté un volume annuel de l'ordre de 173 000 m3. Cela représente 0,5 % des prélèvements en France métropolitaine.

Les prélèvements sont essentiellement destinés à l’alimentation en eau potable pour les usages domestiques (61,2 %) et industriels (38,2%). Il n'y a pas de prélèvements pour refroidir des unités de production d'énergie.

La consommation d'eau pour les activités agricoles est faible en Franche-Comté ; elle représente environ 0,6 % des prélèvements en région, la plaçant ainsi à la deuxième place des régions prélevant le moins d'eau pour l'agriculture en 2009. L’irrigation est peu développée étant donné les systèmes de cultures dominants et la pluviométrie de la région. On recence seulement une petite partie du Jura où un projet récent d'irrigation agricole a vu le jour sur les plaines alluviales de la Loue et de la Basse Vallée du Doubs.

La consommation d’eau du secteur industriel est ponctuellement forte. Elle est cependant en baisse constante depuis 2000. C’est par exemple le cas de l’usine Solvay à Abergement-la-Ronce dont les processus nécessitent de grandes quantités d’eau.

La consommation d'eau rapportée à la population est quasiment identique à celle constatée en Province (91 m3 d'eau par habitant et par an, en incluant le commerce et l'artisanat).

Toutefois, un risque de déséquilibre quantitatif est pointé par le SDAGE au niveau de plusieurs zones, c’est particulièrement le cas des secteurs Haut Doubs/Haute Loue, du Breuchin ou encore de la Savoureuse.

Même si la ressource en eau semble être globalement satisfaisante à l’échelle régionale, il n'en demeure pas moins l'existence ponctuelle de conflits d'usages. Par exemple, des  problèmes  de  « débits  réservés » (débit minimal nécessaire à la préservation des habitats aquatiques et de la vie piscicole), sont  identifiés  sur  les  rivières  où  de  nombreux  ouvrages hydroélectriques  sont  installés. Le non respect de ces débits a des conséquences importantes et dirables sur les espèces de poissons sédentaires ou amphihalins ainsi que pour les sédiments dont le déplacement est gage du bon fonctionnement de la dynamique hydraulique des cours d'eau.

De plus, ces déséquilibres ponctuels peuvent avoir des influences fortes sur l'alimentation en eau potable. En effet, sur certains secteurs régionaux, les déséquilibres quantitatifs génèrent une vulnérabilité pour l'alimentation en eau potable (ARS), car la ressource en eau n'est pas suffisante pour alimenter sans impact l'ensemble des personnes reliées au réseau. Pour exemple, le Territoire de Belfort est alimenté par des captages sur la Savoureuse, or en période d'étiage, la ressource n'est pas suffisante et nécessite un apport du Pays de Montbéliard Agglomération qui tire sa ressource du Doubs. Il existe donc un risque de renforcer les effets de l'étiage sur la rivière Doubs en limitant les prélèvements sur la Savoureuse. Cette problématique est prise en compte actuellement par le SAGE Allan - Allaine.

Sur le secteur de la Savoureuse, on note également des problématiques de prélèvements liés aux étangs (pisciculture et loisirs) pouvant entrainer des conflits d'usage ou en tout cas une concurrence pour la ressource en eau sur un bassin déjà sous tension.

Les changements climatiques peuvent aussi avoir des effets sur la ressource en eau et sa disponibilité saisonnière. En effet, même s'il est encore difficile de caractériser les impacts des modifications climatiques de façon précise, des travaux menés par l'Agence de l'Eau RMC mettent en avant une évolution des températures, un assèchement global et surtout des conditions beaucoup plus variables pour la ressource en eau. De fait, il semble nécessaire d'anticiper les retombées potentielles de ce réchauffement pour optimiser les politiques publiques en lien.

Pour la ressource en eau, ces retombées peuvent être :

• une concurrence accrue entre les différents secteurs de l'activité francomtoise, notamment entre l'industrie et l'alimentation en eau potable. En effet, l'agriculture n'est concernée que par une très faible part des prélèvements en région (<1%).
• une augmentation des périodes d'étiage des cours d'eau avec une augmentation de la concentration des polluants.

Le développement de certaines activités (activité touristique, enneigement hivernal, développement  de l’énergie hydroélectrique) pourra potentiellement exacerber ces problématiques régionales nécessitant une analyse prospective pour définir les grandes orientations régionales vis-à-vis de la ressource en eau. Des tensions existent déja.