La région compte en proportion moins de terres agricoles (SAU = terres arables + STH) qu’en France métropolitaine (42.6% contre 59.8%) mais se caractérise par la très forte présence de forêts et de milieux naturels (48.8% contre seulement 34%).

La forêt couvre 714 000 ha soit 43.6 % du territoire régional. La Franche-Comté arrive juste derrière l’Aquitaine (44.9%) pour son taux de boisement dont la moitié est communale. Contrairement à la surface agricole, les surfaces boisées ont tendance à  s’étendre. Ainsi, Agreste recense une progression de  5000 ha supplémentaire de forêt entre 2000 et 2010.

La forêt franc-comtoise est composée à 70 % de feuillus (chênes et hêtres notamment). Les résineux sont localisés principalement sur les massifs.

En 2009, Agreste considère les forêts franc-comtoise comme variées et propices à la biodiversité car composées en moyenne de 5.4 à 6 espèces sylvicoles.

La production de bois d’œuvre domine avec 1.92 million de m3 en 2008 dont 1.25 millions de m3 de conifères. En 2008, seule la production de bois d’énergie progresse (+31% en un an).  La filière bois offre aussi près de 10 000 emplois dans l’exploitation forestière et la transformation du bois.