L’identification au titre de la loi du 2 mai 1930 est un moyen d’assurer la protection des sites qui présentent un intérêt général du point de vue artistique, historique, scientifique, légendaire ou pittoresque.
Il existe deux niveaux de protection : le classement et l’inscription.

• Le classement est généralement réservé aux sites les plus remarquables à dominante naturelle dont le caractère, notamment paysager doit être rigoureusement préservé. Les travaux y sont soumis selon leur importance à autorisation préalable du préfet ou du ministre de l’écologie. Dans ce dernier cas, l’avis de la commission départementale des sites (CDSPP) est obligatoire. Les sites sont classés après enquête administrative par arrêté ministériel ou par décret en Conseil d’État.
• L’inscription est proposée pour des sites moins sensibles ou plus anthropisés qui, sans qu’il soit nécessaire de recourir au classement, présentent suffisamment d’intérêt pour être surveillés de très prés. Les travaux y sont soumis à déclaration auprès de l’Architecte des Bâtiments de France (SDAP). Les sites sont inscrits par arrêté ministériel après avis des communes concernées.

Les sites classés

Depuis le classement de la source du Lison, l'un des premiers sites à être classé au niveau national, jusqu''à la haute vallée de la Saine en 2011, 73 sites ont été reconnus en Franche Comté comme étant emblématiques et nécessitant à ce titre d'être protégés. Cet ensemble de près de 11500 ha est constitué de sites très différents exprimant la diversité et la particularité des paysages de Franche Comté (reculées du Jura, vallées, ballons, systèmes hydrauliques, monuments naturels, patrimoine bâti...).
Le Doubs présente la plus grande part des sites classés (46), mais ceux-ci sont de petites dimensions et très localisés à l’exception de 4 grands sites (> 200 ha): la Vallée du Cusancin, les Falaises d’Ornans et la Vallée de la Brême (2194 ha), les Bassins et le Saut du Doubs, les Gorges de Nouailles et sources de la Loue.
La Haute-Saône et le Jura sont comparables en nombre de sites classés avec respectivement 10 et 12 sites classés. Toutefois les sites du département de la Haute Saône représentent une surface 10 fois moindre que celle du Jura avec 0.1% du territoire.
Le Jura est caractérisé par une majorité de grands sites avec 6 sites supérieurs à 400 ha : la reculée des Planches-près-Arbois, le Vignoble de Château Chalon, la reculée de Baume les Messieurs, les sept lacs du Plateau du Frasnois, la vallée du Hérisson et les Gorges du Flumen.
Les premiers sites classés se limitaient souvent à des éléments exceptionnels mais ponctuels du paysages. L'intérêt des sites s'est progressivement étendu à des ensembles paysagers et patrimoniaux plus vastes et marqués par l'activité humaine. Les sites classés représentent globalement assez bien les grands motifs paysagers franc-comtois (reculées, vignobles, lacs et cascades...). Certains en sont néanmoins absents (complexes d'étangs, tourbières et lapiaz). Les sites sont généralement anciens (seuls 14 sites depuis 1980).
Seuls 4 sites classés sont à ce jour dotés de plans d'orientation et de gestion (Baume les Messieurs, vignoble du Château-Chalon, cascades du Hérisson et des sept lacs et la reculée des Planches-près-Arbois).

Les sites inscrits

La Franche-Comté compte 126 sites inscrits à partir de 1935.

Les sites inscrits concernent principalement des éléments bâtis remarquables (rues, villages, forges, ruines de château…)

Petites cités comtoises de caractères

 L'association créée en 1989 a pour but de préserver, valoriser et promouvoir ce patrimoine bâti et culturel des communes de moins de 10000 habitants en milieu rural.

L’association regroupe  35 communes de l'espace rural. Elles sont dotées du label "Petites Cités Comtoises de Caractère" (PCCC) car elles présentent toutes les traces historiques d'une activité urbaine et ont un patrimoine urbain, architectural et paysager de premier ordre.

Lien : http://www.petites-cites-comtoises.org/association/fr/home

Les sites UNESCO

Le but du classement au patrimoine mondial de l’UNESCO est de reconnaitre et conserver les biens dits culturels ou naturels d’importance pour l’héritage commun de l’humanité. Sous certaines conditions, les sites classés de l’UNESCO peuvent bénéficier d’un financement pour leur conservation issu du World Heritage Fund.
La Franche-Comté compte 4 sites reconnus au patrimoine de l’UNESCO et 1 site candidat.

• La saline royale d’Arc-et-Senans (Doubs) - Inscrite en 1982 au patrimoine mondial de l’UNESCO, la Manufacture Royale d’Arc-et-Senans est un chef-d’oeuvre de l’architecture industrielle.
• La Citadelle de Besançon (Doubs) - La citadelle est classée pour son architecture si particulière avec un ensemble de fortifications de Vauban le 7 juillet 2008.
• La Grande Saline de Salins-les-Bains (Jura) - 27 ans après la Saline Royale d’Arc-et-Senans, la Grande Saline de Salins-les-Bains rejoint le patrimoine mondial de l’UNESCO en 2009. Le site est classé pour son patrimoine industriel
• Les sites palafittes des lacs de Chalain et Clairvaux (Jura) - Classés et protégés au titre des Monuments Historiques, les deux sites sont aujourd’hui reconnus comme des sites archéologiques d’importance européenne en raison de l’excellente conservation des vestiges sous le niveau de l’eau et du nombre étonnant de sites d’habitat stratifiés préhistoriques. Classé au Patrimoine mondial de l'UNESCO depuis 2011.
• Notre-Dame-du-Haut candidate à l'Unesco (Haute-Saône)
  Cette chapelle tout en rondeur est l’oeuvre de Le Corbusier est candidate avec un ensemble de bâtiments de Le Corbusier.