Les paysages francs-comtois sont marqués par la nature karstique des sols et le relief des Vosges et du Jura. Les principaux paysages structurants sont : les paysages agricoles et en particulier ceux liés à la viticulture et aux élevages laitiers en AOC tels que le comté (prairies permanentes, réseaux de haies), les paysages forestiers, les vallées reculées, les milieux aquatiques ou humides (cascades, résurgences, tourbières, lacs…).
A l’image de ses paysages naturels, le patrimoine bâti de la Franche Comté est riche avec le patrimoine monumental des villes (Besançon dont les fortifications Vauban ont été inscrites au patrimoine mondial de l’UNESCO, Belfort, Montbéliard, Vesoul, Dole, Pontarlier…), quelques sites de grande renommée (les salines royales d’Arc et Senans, la chapelle Notre Dame du Haut construite par Le Corbusier à Ronchamps, la citadelle de Besançon, le château de Joux…), un patrimoine rural important ou encore un patrimoine bâti lié à l’eau important (les Moulins constituent le premier patrimoine bâti régional en nombre).
Les paysages naturels et le patrimoine bâti contribuent à la qualité de vie mais également à l’attractivité touristique de la région.