La part de milieux semi-naturels est plus importante en franche comté avec une occupation des sols aux ¾ par des forêts, sols nus naturels, landes et prairies permanentes.

Cependant, cette situation n’est pas sans menace.

Le territoire connait une artificialisation plus importante que n’est sa croissance démographique notamment aux abords des principales villes (Besançon, Belfort Montbéliard et pôles secondaires), du pôle d’emploi que représente la Suisse et à proximité des axes de communications (A36 et A39).

Entre 2000 et 2010, Agreste considère que 9000 ha ont été artificialisés. Cela représente autant de perte de surface en sol.

Cette pression foncière participe à l’augementation du prix du foncier agricole.