Un diagnostic précis des sites classés a été réalisé. S’il ne concerne qu'une toute petite partie du territoire cet examen est néanmoins révélateur des tendances générales et des principales évolutions paysagères sur la région.

Globalement on constate une simplification des paysages. Les principales causes peuvent être présentées comme suit :

L'évolution des pratiques : développement des équipements et infrastructures :

Plus largement le développement de l'urbanisation, l’évolution des pratiques agricoles. Par exemple, des éléments caractéristiques des paysages franc-comtois que sont les dolines, murgers (petits murs en pierres sèches issus de l'activité agricole passée, délimitant des parcelles de taille souvent réduite), tendent à disparaître.

Les dynamiques naturelles :

Le vieillissement ou l'abandon du site et la disparition progressive des exploitations agricoles dans les secteurs en déprise (zones les plus difficilement mécanisables notamment du fait du relief) contribuent à l'altération progressive des sites : les falaises s'enfrichent ou s'éboulent, les vallées se ferment, les points de vue disparaissent, les rochers, cascades et les grottes peu fréquentés sont progressivement envahis par la végétation et perdent leur lisibilité paysagère.

Le tourisme :

De nombreux sites francs-comtois font l'objet soit d'une exploitation touristique à titre commercial (gouffre de Poudrey, grotte de la glacière, cascades du Hérisson, Ballon d'Alsace, Saut du Doubs...) soit d'une forte fréquentation (source de la Loue, du Lison, 7 lacs du plateau de Franois, Chateau Chalon, Baume les Messieurs...).