La région compte en proportion moins de terres agricoles (SAU = terres arables + STH) qu’en France métropolitaine (42.6% contre 59.8%) mais se caractérise par la très forte présence de forêts et de milieux naturels (48.8% contre seulement 34%).
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La forêt couvre 714 000 ha soit 43.6 % du territoire régional. La Franche-Comté arrive juste derrière l’Aquitaine (44.9%) pour son taux de boisement dont la moitié est communale. Contrairement à la surface agricole, les surfaces boisées ont tendance à s’étendre. Ainsi, Agreste recense une progression de 5000 ha supplémentaire de forêt entre 2000 et 2010.
La forêt franc-comtoise est composée à 70 % de feuillus (chênes et hêtres notamment). Les résineux sont localisés principalement sur les massifs.
En 2009, Agreste considère les forêts franc-comtoise comme variées et propices à la biodiversité car composées en moyenne de 5.4 à 6 espèces sylvicoles.
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La production de bois d’œuvre domine avec 1.92 million de m3 en 2008 dont 1.25 millions de m3 de conifères. En 2008, seule la production de bois d’énergie progresse (+31% en un an). La filière bois offre aussi près de 10 000 emplois dans l’exploitation forestière et la transformation du bois.