Une zone vulnérable est une partie du territoire où la pollution des eaux par le rejet direct ou indirect de nitrates d'origine agricole et d'autres composés azotés susceptibles de se transformer en nitrates, menace à court terme la qualité des milieux aquatiques et plus particulièrement l'alimentation en eau potable. Elle impose des programmes d’actions de la part des agriculteurs. Il s’agit donc de zonage d’action dans lesquels on peut mesurer l’efficacité ou non des mesures adoptées (teneur en nitrates des eaux souterraines ou superficielles, réduction des utilisations d’engrais azotés, etc..).

Le nombre de communes en zone vulnérable à la pollution par les nitrates établit au 5ème programme de la Directive Nitrates en Franhe-Comté est de 146. Il est le même qu'en 2007.